正己酸在食品、医药，以及化学工业中用途广泛。例如有正己酸和乙醇合成的正己酸乙酯是勾兑酒类的香精之一，与甘油合成的三己酸甘油酯是人造奶油和牛奶加工过程中的主要食品添加剂。檀香木油（sandalwood oil）和己酸生成的酯具有持久的香味，用于香料和香水的生产。此外正己酸还是合成避孕药和癣药，抗癌药己雷琐辛等的主要原料。己酸做为表面活性剂生产中的添加剂，可使产品成均匀，且澄清、透明。